Im Jahr 1938 wurde das Luftverteidigungskommando Hamburg als Divisionskommando aufgestellt, und kurz vor Beginn des Zweiten Weltkrieges am 01.08.1939 in Luftverteidigungskommando 3 umbenannt. Später im Verlauf des Krieges erfolgte am 01.09.1941 die Umbenennung in 3. Flakdivision. Es unterstand ab seiner Aufstellung dem Luftgaukommando XI in Hannover und später in Hamburg-Blankenese.